Действие берет начало в ноябре 2010 года и разворачивается в поле аттрактора β. Впавший в отчаяние Ринтаро Окабэ изо всех сил пытается оправиться от последней неудачной попытки изменить будущее. Стремясь забыть все то, что он пережил в прошлом, и избавиться от терзающих его сознание болезненных воспоминаний, он решает забросить свое второе «я» в лице безумного ученого и начать жить как подобает обычному студенту. Как только, казалось бы, жизнь начинает налаживаться, он внезапно встречает Махо Хиядзё, знакомую Курису Макисэ из американского университета. Махо рассказывает Ринтаро, что в их лаборатории уже начали тестирование нового изобретения, которое предоставляет возможность хранить память…
Эта манга создана по триллеру Хигашино Кейго. Главный герой, обычный застенчивый парень по имени Нарусэ, работает в компании по выпуску электронных приборов и любит рисовать. Он влюблен в Мегуми, работницу художественного магазина. Однажды на офис нападает грабитель. Преступник пытается застрелить одну из заложниц, но Нарусэ бросается под пулю. Спустя месяц Нарусэ просыпается в госпитале и узнаёт, что половина его мозга уничтожена и жив он только благодаря тому, что кто-то пожертвовал ему часть мозга. Всё приходит в норму, Нарусэ успешно восстанавливается и живет счастливо. Однако он начинает меняться... Кроется ли причина изменений в пожертвованном мозге? Или это просто побочный эффект лекарств?
2014 год. Группой российских исследователей в сфере естественных наук было обнаружено вещество «SDEO1», получившее позже название «мана». Это открытие ознаменовало рассвет Нового мира. В обыденную жизнь человечества ворвалась магия. А за ней последовали и перемены: развитие техники и технологий, изменение устоев, появление новых правил… 2030 год. Наступила эпоха магии. Shinra Tensei Manga Team
В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел.
Приквел "Призрака в доспехах", в котором рассказывается о встрече всем полюбившихся героев. Действие разворачивается в 2027 году. Мотоко Кусанаги и Тогуса еще не состоят в Отделе общественной безопасности (Мотоко приписана к военному 501-му секретному подразделению, а Тогуса - рядовой детектив в префектуре Ниихама), более того, Дайсукэ Арамаки и Бато подозревают Мотоко в причастности к террактам.
Human Error Processor рассказывает четыре новые истории из практики Девятого отдела. Повествование начинается спустя некоторое время после событий первой части манги и знакомит читателя с любопытными деталями сеттинга.
На окраинах Нео-Гонконга раскинулся загадочный китайский сад. Легенда гласит, что взглянув на фею в саду не доживешь до утра. Пять лет назад, Дуглас Пайк расследовал истинное происхождение фей. Но случайное убийство в ходе расследования навсегда заставило его покинуть ряды полицейских. Сегодня, частному сыщику и таксисту придется вновь столкнуться с загадочным садом, чтобы вернуть пропавшего ученого.