Проиграв в очередном таймлайне, Хомура решилась на отчаянный шаг - и ей удалось забрать с собой в прошлое Мадоку. Теперь они вдвоем должны сделать то, что Хомуре доселе одной не удавалось - спасти остальных волшебниц, чтобы вместе вчетвером сразиться с Вальпургиевой ночью. Но маленькая досада - возвращаясь в прошлое, Хомура случайно захватила с собой и Кьюбея. Инкубатор знает, какой ведьмой может стать Мадока, и приложит все силы, чтобы разрушить план Хомуры наиболее простым способом - избавившись от взбунтовавшейся волшебницы.

В мире существуют волшебные существа, которые могут исполнить любое желание избранной ими девочки. Однако после этого она должна стать девочкой-волшебницей и сражаться с ведьмами - злобными созданиями, порожденными проклятьями и сеющие с помощью своей силы хаос и отчаяние. Школьница Канаме Мадока и её подруга Мики Саяка получили предложение... стать девочками-волшебницами от волшебницы Томое Мами и загадочного белого и пушистого зверька Кьюбея - обладателя пары не самых обычных ушей. Но другая девочка-волшебница, Акеми Хомура, всеми силами пытается помешать Мадоке заключить с ним контракт...

Томоэ Мами - волшебница города Митакихары. Она сражалась с ведьмами одна, пока не встретила начинающую волшебницу Сакуру Кёко. Кёко была в восторге, увидев Мами, и попросила стать её "ученицей"?!