Главный герой является обычным отаку, который тихо жил, пока не получил сообщение от неизвестного. Аноним даёт ему задание, чтобы он преследовал одну девушку, иначе он умрёт. Что это и зачем ему это? Прежде чем искать ответы на эти вопросы, ему предстоит выполнить свое задание, если он хочет жить.

История Fate/hollow ataraxia происходит через шесть месяцев после событий Fate/stay night, все еще в городе Фуюки. Базетт Фрага МакРемитц, член Ассоциации Магов и Мастер Пятой Войны Святого Грааля, просыпается на четвертый день войны с новым Слугой, Мстителем, и не помнит, что с ним случилось раньше. Она и Эвенджер решили сражаться и выиграть Войну за Святой Грааль. Между тем, Широ Эмия живет мирной жизнью со всеми своими друзьями из Пятой Войны Святого Грааля. После того, как один из его опытов изменил ход времени и пространства, Рин Тосака уезжает в Ассоциацию волхвов в Англии, чтобы разобраться с проблемами. Слуги чувствуют новую опасность, поскольку вскоре после этого появляются темные существа.…