Люди хотят стать богами — они дарят разум неодушевленным предметам, рождают искусственную жизнь и наделяют её своими амбициями. И в один прекрасный момент Земля, раскрученная новыми творцами, начинает развиваться вне зависимости от их воли, оставляя людей далеко позади, как слабый и бесперспективный элемент эволюции. В этот момент рождается Мегаструктура, многоуровневый, бесконечный, вечный лабиринт, подобный живому организму, всё продолжающий расти, достигая звезд... Мегаструктура — одновременно и мир, вышедший из-под руки Цутому Нихея, и главный герой этого мира. В ней рождаются и умирают люди, киборги, андроиды, биологические и механические существа, в ней появляются герои, искатели, бессмертные…

Летающий человек-череп борется с породившей его компанией, которая занимается производством генетического оружия.