Третий объект, отобранный институтом Marduk, третье дитя. Он застенчив, необщителен, сомневается в ценности своей жизни, привык быть один и, впадая в депрессию, может убежать из дома и жить на улице, ночуя в кинотеатре. Так как он отвергнут отцом, считает себя никому ненужным. Практически не имеет друзей (в сериале показаны только два школьных друга — Кэнсукэ Аида и Тодзи Судзухара ). Свою работу пилота Синдзи не любит и два раза за сериал пытается покинуть место пилота. К необходимости же защищать человечество относится достаточно безразлично. Так, в первой серии, кроме него, некому было защищать город-крепость Токио-3, однако Синдзи отказывается пилотировать Евангелион до тех пор, пока не возникает угроза, что вместо него посадят тяжело раненую Рей Аянами, первое дитя. Свободное время Синдзи заполняет игрой на виолончели и прослушиванием плеера. Особенно часто слушает плеер, находясь в депрессии. Также хорошо готовит и без всякой подготовки обладает идеальной синхронностью действий с Рей там, где на синхронизацию со вторым дитя, Аской, уходит неделя. Несмотря на своё отношение к работе, Синдзи обладает уникальными способностями к пилотированию. Даже Рей Аянами потребовалось семь месяцев для синхронизации с Евой, а Синдзи без всякой подготовки достигает 41,3 процентов синхронизации. Впоследствии Синдзи за несколько месяцев превосходит по уровню синхронизации Аску, несмотря на то, что ранее она имела самый высокий среди пилотов уровень синхронизации и тренировалась в течение 10 лет. Ангелы проявляют к нему особый интерес. Так, Гагиил, игнорировавший эмбрион первого Ангела, Адама и Еву-02, пока те были в Германии, напал на флот, их перевозивший, когда на корабль прибыл Синдзи. Бардиил, выведший из строя боеспособные Евы-00 и 02 за считанные секунды, душил несопротивляющуюся Еву Синдзи в течение времени, которого хватило Синдзи и Гэндо на то, чтобы обсудить необходимость боя с Бардиилом и активировать псевдопилот, который впоследствии уничтожил Ангела. Зеруил, устранивший Евы-00 и 02 одним ударом, пытался разбить ядро Евы-01 время достаточное для активации берсерка. Наконец, последний Ангел, Каору Нагиса утверждал, что, возможно, он был рождён, чтобы встретиться с Икари. Ближе к концу сериала Синдзи, подобно Рей, получает новое тело. Как поясняет специалист Nerv Рицуко Акаги, после того как в ходе сражения Синдзи был поглощён Евангелионом-01, то, что осталось от тела Синдзи, находится в растворённом виде внутри контактной капсулы Евангелиона, и там же пребывает его душа. Для спасения Синдзи предпринимается попытка восстановить тело и соединить его с душой. Однако в ходе спасательной операции содержимое капсулы проливается на пол, и, следовательно, выпавший откуда-то из недр Евангелиона Синдзи имеет не оригинальное тело, а его копию, порождённую Евой. Таким образом, эти двое до финала « Конца Евангелиона », где все люди утрачивают свои тела и впоследствии получают возможность получить новые, остаются единственными персонажами, пережившими реинкарнацию.