В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел.
Human Error Processor рассказывает четыре новые истории из практики Девятого отдела. Повествование начинается спустя некоторое время после событий первой части манги и знакомит читателя с любопытными деталями сеттинга.
Адаптация аниме «Психо-паспорт». Действие происходит в недалеком будущем, в котором существует технология под названием "Система Сивилла", позволяющая измерить и оценить личность и состояние рассудка человека. Всю полученную таким образом информацию обрабатывают, вычисляют "коэффициент преступления" и записывают это всё в так называемом "психо-паспорте" в виде определенного оттенка. Чем светлее оттенок, тем "чище" человек морально, и наоборот, если психо-паспорт показывает темный оттенок цвета, значит человек на грани того, чтобы совершить преступление или уже его совершил, а разбираться с такими ребятами работа Бюро общественной безопасности. История крутится вокруг молодой девушки, Цунемори…