Искусный психолог, с лёгкостью убеждающий людей помогать ему, и воплощение образа безнравственного учёного. Все последователи Оротимару, за исключением Сасукэ, превозносят и уважают его. Однако сам он относится к своим подчинённым как к пешкам, заботясь о них лишь ради достижения собственных целей. Интерес же проявляет только к тем, кого собирается использовать как резервуар для своей души, и только потому, что они могут продлить его существование. Одной из его особенностей является тесная взаимосвязь со змеями. Его внешность схожа с этими пресмыкающимися — у него специфические зрачки, бледная кожа, длинный гибкий язык. Оротимару может сбрасывать кожу подобно змее и таким образом восстанавливать повреждения, полученные им в бою. Впервые Оротимару появляется во время экзамена на звание тюнина в Лесу Смерти. Для выполнения техники перерождения он давно искал синоби, чей организм мог бы использовать. Не сумев овладеть телом Утихи Итати, он обратил своё внимание на его младшего брата. Напав на команду Наруто, Сакуры и Сасукэ, он поставил последнему проклятую печать, надеясь, что тот, познав её силу, согласится стать его учеником, а впоследствии и пристанищем для души Оротимару.
За некоторое время до начала экзаменов Оротимару убил Четвёртого Кадзэкагэ и скрывался под его видом. Используя эту возможность, он подговорил ниндзя из Деревни Песка и Деревни Звука к нападению на Коноху, что и произошло во время третьего, финального испытания. В битве Оротимару использовал одно из самых тёмных дзюцу мира Наруто — «Нечестивое воскрешение», с помощью которого призвал души Первого и Второго Хокагэ и, наделив их телом, заставил биться против Третьего Хокагэ. Поставленному таким развитием событий в тупик Хирузэну Сарутоби пришлось использовать дзюцу «Печать бога смерти», когда-то применённое Четвёртым Хокагэ против Девятихвостого. Сарутоби сначала запечатал души Хасирамы и Тобирамы, а затем, уже будучи смертельно раненым мечом Орочимару — Кусанаги, и часть сил Орочимару так, что его руки стали практически недееспособны. После этого злодею удалось скрыться, а ниндзя Песка и Звука отступили. Позднее руководство Суны подписало с Конохой мирный договор. Спустя несколько дней Орочимару и его приспешник Кабуто обнаружили в одном из небольших городов Цунадэ с её помощницей Сидзунэ и предложили ей вылечить пострадавшие руки саннина в обмен на оживление им Наваки и Дана, дав ей на размышление неделю. После того, как отведённое на размышление время подошло к концу, Орочимару, Кабуто и Цунадэ снова встретились, однако последняя, выдавая свои телодвижения за попытку начать лечение, атаковала злодея. Постепенно место битвы переместилось из города в поле, где ей на помощь пришли ослабленные Дзирайя, Сидзунэ и Наруто. Оротимару и Кабуто в итоге вынуждены были отступить. Впоследствии Оротимару, понимая, насколько Сасукэ жаждет большей силы, отправил для его сопровождения в Деревню Звука одноимённую «Четвёрку», и, несмотря на попытки ниндзя Конохи остановить их, младший Утиха присоединился к Оротимару, хотя и понимал, что тому от него нужно лишь тело.
Действие второй части происходит спустя почти три года после событий первой. Обессилевший Оротимару, чьё тело начало постепенно отторгаться, вместе с Кабуто вёл подготовку к пересадке его души в тело Утихи. Однако у Сасукэ были совсем другие планы — решив, что саннину больше его нечему научить, напал на него. Неспособный полноценно сражаться из-за своего состояния, Оротимару принял свой истинный облик змея и попытался начать процесс перерождения, однако Утихе с помощью сярингана удалось его остановить и поглотить часть его сущности. После того, как Кабуто обнаружил, что Оротимару мёртв, он пересадил себе часть его органов, надеясь таким образом поглотить его способности и силы и впоследствии превзойти. Во время битвы двух братьев Утиха, когда младший ослаб, сущность Оротимару в виде восьмихвостого змея вырвалась из проклятой метки Саскэ и попыталась атаковать старшего. Однако Итати, используя Сусаноо и легендарный меч Тоцука, навсегда запер ту часть Орочимару, что жила в Сасукэ, в мире гэндзюцу. Тем временем Кабуто, пересадивший себе органы Орочимару, постепенно стал в него превращаться — в том момент, когда он передал сведения об Акацуки Наруто, Хината с помощью бякугана определила, что чакра Оротимару уже на треть поглотила Кабуто, который, по его же словам, этому сопротивлялся. В следующий раз Кабуто пытался переговорить с Тоби. Черты его лица уже с трудом напоминали те, что были у него раньше. Пышные волосы, змеиные зрачки и кожа делали его похожим на Оротимару. Первым, что Кабуто показал Тоби, были призванные с помощью «Нечестивого воскрешения» души пяти погибших членов Акацуки, заключённые в тела, — Итати, Дэйдары, Сасори, Какудзу и Нагато. В обмен на свою помощь организации, Кабуто запросил Сасукэ, утверждая, что он ему нужен для «изучения всей правды о ниндзюцу». После того, как Сасукэ и Итати победили Кабуто, к Саскэ пришли Дзюго и Суигэцу, притащив с собой свиток. Для того, чтобы воспользоваться содержимым свитка, Сасукэ воскресил Оротимару. Спустя некоторое время он вместе с командой Така прибыл в Коноху. Они вместе разорили Храм Масок клана Удзумаки и отправились в тайник клана Утиха. Оротимару надел маску бога смерти, чтобы призвать его. Затем заставил его вспороть себе живот, тем самым разрушив печать, сдерживающую все запечатанные души. После того, как к нему вернулись руки, он, используя четырёх Дзэцу как сосуды для души, воскресил всех предыдущих Хокагэ. Когда Саскэ изменил своё решение по уничтожению Конохи, он ослабил контроль над воскрешёнными Хокагэ. Когда Хирузэн шёпотом спросил у него, из-за чего он так изменился, Орочимару ответил, что пока был внутри Кабуто, понял свои прошлые ошибки, наблюдая себя «со стороны», и потому теперь он хочет посмотреть на путь Сасукэ, который, в отличие от Кабуто, не копирует его. Одним из первых попал в Мугэн Цукуёми Мадары.