Уже с раннего детства демонстрирует способности в рисовании, делая повсюду наброски понравившихся ему персонажей. Стиль оформления и рисунка аниме и манги «Akira», которым он пытался постоянно подражать, в особенности потрясают Масаси. Примерно в это время он впервые увидел мангу «Доктор Сламп».Очень большое влияние на него оказала манга «Dragonball», так что он часто рисовал персонажей этой манги. Несмотря на это, до двадцатилетнего возраста он писал лишь незначительные коротенькие истории.
Начав специализироваться в школе для мангак, в 1996 году Масаси отсылает компании Shueisha свой первый комикс «Karakuri», который не приобретает большого успеха. Однако за него Кисимото получил «Hop Step Award», премию Shonen Jump для многообещающих авторов. В течение нескольких последующих лет его идеи для будущих работ отклонялись редакцией журнала. Его следующей работой с 1999 был «Наруто», регулярно публикующийся журналом Shonen Jump.
2 мая 2013 года в июньском номере Jump Square вышла короткая история под названием Mario, рассказывающая о приключениях киллера. Создание сюжета для него Кишимото начал еще до того, как начал издаваться «Наруто», но выход манги постоянно откладывался.
Его брат-близнец Кисимото Сэйси тоже мангака и известен как автор «666 Satan» и «Blazer Drive». Нередко было замечено, что их рисунки очень похожи между собой, поэтому они часто обвинялись в плагиате. Тем не менее, Сэйси в одной из глав своей манги отмечает, что эти сходства не преднамеренные, а спровоцированные влиянием одних и тех же вещей на обоих авторов.